Браћа изводе забрањену алхемијску технику трансмутације човека у покушају да је васкрсну када Триша умре од куге. Као резултат, трансмутација се обрушава и у закону са једнаком разменом лева нога и цело Алфонсово тело Едварда су уништени. Едвард губи десну руку да би спасао Алпхонсеову душу, вежући је са печатом крви у оклопно одело. Рои Мустанг позива Едварда да постане метод за обнављање Алфонсовог тела који ће истраживати државни алхемичар. Едвард тријумфује, постајући име према његовим протетским удовима, Фуллметал Алцхемист.
Три године касније, Елрицс тражи легендарни Филозофски камен како би остварио своје циљеве. Марцох шаље своје белешке како би их они пронашли, али они сазнају да су битни фактор за стварно прављење Камена људске жртве. Пријатељ Мустанга, Маес Хугхес, наставља са својим истраживањима, али је убијен са прерушеном Завишћу због проналажења стратегија Хомунцулија.
Гледајући са Изуми, Елрицови сазнају да је људску трансмутацију починила над њеним мртворођеним дететом. Покварени хомунцулус Похлепа заробио је Алфонса, али спасио га је председник Аместриса краљ Брадлеи, за кога је показано да функционише као хомунцулус Вратх. Похлепа се на тај начин претапа и поново апсорбује у зачетнику Оца Хомункула. Винри и Елрицс се враћају у Централ Цити да би отишли са Хугхесом, али сазнају за његову смрт. Поручник Мариа Росс окривљен је за Хугхесово убиство, али га је Мустанг очигледно убио. Ипак, Едвард сазнаје да је Россов одлазак био инсцениран како би је Мустанг могао прокријумчарити из Сједињених Држава у Ксинг, уз помоћ Ксингесе принца Линг Иао-а. Едвард се поново састао са Хохенхеимом, али га презире због његовог дугог одсуства у пребивалишту.
Како наратив напредује, протагонисти се непрестано сусрећу са Хомунцули. Мустанг убија пожуду; Мустанг и Линг заробљавају прождрљивост, али на крају гутају Енви у свој нулл и Едвард-а, попут Линг-а трбух. Прождрљивост одводи Алфонса да се упозна са оцем, али Линг се претвара десно у хомунцулуса, тачније најновијег аватара похлепе, када остали побегну из стомака прождрљивости. Елрицси су пуштени да наставе своју потрагу под условом да им се отац не супротстави.
Лоцирајући подземни тунел испод Бриггс-а, генерал Оливиер Армстронг проналази Оца и Елрицсе, ствара националну трансмутациону групу и намерава да да своје грађане како би могао да се уздигне до божанства. Похлепа се опоравља издаје оца и сећања његовог претходног себе, удружујући се са афтером и Едвардом, слушкињама химере Кимблее Хохенхеим. Хохенхеим открива својим синовима појединачно да није смртник, кога је отац претворио у живи Филозофски камен пре четири стотине година.
Дан обећања стиже и отац се припрема да започне своју стратегију имајући помрачење и оне који су покушали да трансформишу људе као своје жртве које су од суштинске важности. Разни протагонисти сукобљавају се са очевим покорницима, док сви Хомункули истичу. Након присилног Мустанга, као и Елрицса, Изуми, Хохенхеим се прикупљају јер узроци које тата активира националну трансмутацију. Ипак, Ожиљак и Хохенхајм активирају Аместријце да би их спасили контрамерама. Отац упропаштава похлепу, мада се тата суочава изнад земље где се протагонисти боре против њега да сруши свој Филозофски камен.
Алфонс, чији је оклоп готово уништен током последњег сукоба против Оца, даје свој дух да поврати десну руку, а он заузврат уништава Очев камен, шаљући га натраг у етерична Капија Едвардове истине. Едвард губи моћ алхемије да би опоравио душу и Алфонсово тело. Хохенхеим види гроб у којем умире смешкајући се Трисхи.
