Серија се одвија четири године након догађаја Магицал Гирл Лирицал Наноха СтрикерС, током којих је магична девојка Наноха Такамацхи спасила и усвојила младу девојку по имену Вивио, која је реинкарнација Светог Кајзера, Оливие Сегбрецхт. Након што је ушла у четврту годину основне школе, Вивио добија сопствени обавештајни уређај, Сацред Хеарт, и добија моћ да се трансформише користећи свој одрасли Санкт Каисер мод. Убрзо наилази на девојку по имену Ајнхарт Стратос, која је, слично Вивио, потомак другог владара Санкт Кајзера, Клауса ГС Ингвалта. Док Ајнхарт постаје одлучна да докаже да је њен стил борбе најјачи, Вивио се спријатељи са њом и заједно са својим пријатељима учествује на турниру борилачких вештина где се боре против разних магичних противника и сазнају више о својим прошлим животима.
