У АГ 101 (101. година календара напредне генерације) мистериозни ентитет познат само под називом „УЕ“, или „непознати непријатељ“, напада и уништава свемирску колонију Ангел. Овај брутални напад постаје злогласан као „Дан када је анђео пао“ и означава почетак рата човечанства за опстанак. Серија започиње АГ 108 када УЕ напада свемирску колонију Ован, где Флит Асуно сада живи након што је побегао из колоније Ангел пре њеног уништења. Мајка Флит, мало пре него што је УЕ убије, даје сину предмет под називом „АГЕ Девице“. У њему открива нацрте моћног оружја из прошлости - древног месије званог „Гундам“.
Из ових нацрта, Флит проводи наредних неколико година проучавајући инжењерство у бази Земаљске федерације на свемирској колонији Нора и дизајнирајући Гундам АГЕ-1. Седам година касније, у АГ 115, Флит довршава Гундам АГЕ-1 Нормал, баш као што је УЕ напао Нору, и користи га за помоћ посади федералног бојног брода „Дива“ у евакуацији грађана колоније пре него што буде уништен. Одлучан да донесе битку на УЕ за уништавање његовог дома два пута, Флит пристаје да служи у Дивином мобилном оделу које пилотира Гундам. Након што су прикупили довољно података и војне моћи да успоставе правац деловања, посада Диве и њихови савезници покрећу успешан напад који је уништио тајну тврђаву УЕ у астероиду Амбат. Тамо сазнају да су УЕ заправо потомци наводно пропале људске мисије послате ради колонизације Марса, којег је Земаљска федерација оставила мртве, који су формирали властиту нацију на црвеној планети званој Веиган.
